Προτού ο Αυτισμός διαχωριστεί από τις υπόλοιπες παθήσεις και καταγραφεί στο Διαγνωστικό και Στατιστικό Εγχειρίδιο (DSM) ήταν αρκετά σύνηθες να συγχέεται με τη Σχιζοφρένεια για πολλά χρόνια, για το λόγο αυτό είναι απαραίτητο να εστιάσουμε στην ειδοποιό διαφορά τους. Αξίζει να σημειωθεί ότι παρά το γεγονός ότι ο αυτισμός διαχωρίστηκε κλινικά από άλλες παθήσεις από το 1940, χρειάστηκαν 37 ολόκληρα χρόνια ώστε να καταγραφεί επίσημα ως ξεχωριστή διαταραχή.
Ο λόγος που συχνά συγχέονται ο αυτισμός και η Σχιζοφρένεια είναι κάποια κοινά χαρακτηριστικά που εμφανίζουν τα παιδιά με τις παθήσεις αυτές. Τις περισσότερες φορές, δυσκολεύονται να εκφράσουν τα συναισθήματά τους και χαρακτηρίζονται από έλλειψη ενσυναίσθησης. Ακόμα αντιμετωπίζουν διαταραχές στο λόγο, αντιδρούν αρνητικά σε αλλαγές που λαμβάνουν χώρα στο περιβάλλον γύρω τους και δυσκολεύονται να συνάψουν κοινωνικές σχέσεις με τους γύρω τους. Εμβαθύνοντας στις διαφορές τους, μπορούμε να ξεκινήσουμε από το οικογενειακό πλαίσιο. Στα παιδιά με αυτισμό εμφανίζεται ορισμένες φορές ιστορικό στην οικογένειά τους με διαταραχές σε κοινωνικές και γνωστικές λειτουργίες. Στα παιδιά με Σχιζοφρένεια συναντάται αρκετά συχνά οικογενειακό ιστορικό με ψυχικά νοσήματα.
Επίσης, η ηλικία στην οποία εκδηλώνονται τα πρώτα συμπτώματα είναι ιδιαίτερα σημαντική. Αυτό συμβαίνει διότι στον αυτισμό ήδη από το πρώτο μέχρι το τρίτο έτος της ηλικίας του παιδιού παρατηρούνται τα πρώτα συμπτώματα, όπως οι στερεοτυπικές συμπεριφορές και τα κοινωνικά και επικοινωνιακά ελλείμματα και τα συμπτώματα εκδηλώνονται με μία σχετική σταθερότητα.
Αντίθετα, στη Σχιζοφρένεια, τα συμπτώματα αρχίζουν να γίνονται αντιληπτά από το τρίτο μέχρι και το δέκατο έτος της ηλικίας του παιδιού ενώ μέχρι στιγμής δεν είχαν υπάρξει κάποιες ενδείξεις της πάθησης. Δεν είναι σπάνιο το φαινόμενο η διάγνωση να γίνεται ακόμα και όταν το παιδί γίνει πλέον ενήλικας. Η κορύφωση των συμπτωμάτων γίνεται συνήθως κατά την κρίσιμη την περίοδο της εφηβείας. Σε αντίθεση με τον αυτισμό, δεν παρατηρείται σταθερότητα στα συμπτώματα, τα οποία χαρακτηρίζονται από περιόδους ύφεσης και άλλοτε από περιόδους επιδείνωσης.
Τα παιδιά με Σχιζοφρένεια, δεν αντιμετωπίζουν προβλήματα στη γλωσσική τους επικοινωνία και δεν εμφανίζουν στερεοτυπικές συμπεριφορές (δύο από τα βασικότερα χαρακτηριστικά του αυτισμού). Αντιμετωπίζουν όμως συναισθηματικά προβλήματα, παραληρητικές ιδέες και αρκετά συχνά έχουν ψευδαισθήσεις, συμπτώματα που είναι κοινά τόσο στην παιδική όσο και στην ενήλικη ζωή. Τέλος, είναι σημαντικό να αναφερθούμε στη φαρμακευτική αγωγή που ακολουθείται και στις δύο περιπτώσεις. Στην περίπτωση του αυτισμού, η αγωγή έχει ως στόχο να μειώσει κάποια αυτιστικά χαρακτηριστικά και συμπτώματα, ενώ στην περίπτωση της Σχιζοφρένειας, χορηγούνται νευροληπτικά φάρμακα ανάλογα με την περίπτωση, στα οποία οι πάσχοντες ανταποκρίνονται συνήθως θετικά.